Un coeur et six poumons
Les commissions proposent, le Conseil de Communauté décide et le bureau dirige : à l'image d'un conseil municipal, la Communauté de Communes est un corps organisé.

Conseil de communauté
Un "conseil de communauté" de 32 membres administre la CCA (+ 32 suppléants). Ces délégués sont élus par les 6 municipalités, selon une répartition en fonction de la population de chaque commune. Le Conseil de Communauté se réunit 1 à 2 fois par trimestre. Cinq vice-présidents forment le bureau autour du président (Gérard Angotti) et du 1er vice-président (Francis Auradou). Il se réunit une fois tous les 15 jours : les 1er et 3e jeudis de chaque mois. Conformément aux statuts, les compétences de la CCA sont réparties entre plusieurs commissions. Leur rôle est consultatif ; c'est le Conseil de Communauté qui décide en assemblée.

Un budget autonome
Les recettes directes de la CCA proviennent essentiellement de la fiscalité et de la dotation de fonctionnement versée par l'Etat. La fiscalité (taxe professionnelle + taxe d'habitation + taxes sur le foncier bâti et le foncier non bâti) finance le coût des services communaux transférés à la communauté. La redevance sur les ordures ménagères et une taxe sur les transports sont intégrés dans le budget. En fonction des projets réalisés, des subventions sont perçues, en provenance de l'Etat ou des autres collectivités publiques (Région, Département,...). Le personnel de la Communauté de Communes d'Agen est composé de 10 agents administratifs et 62 agents techniques.